Profesor od listopada 2012 roku kieruje Kliniką Położnictwa i Ginekologii Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego. Funkcję konsultanta wojewódzkiego w dziedzinie położnictwa i ginekologii Wojciech Rokita pełnił przez kilka lat, do wiosny 2018 roku. Zrezygnował ze stanowiska z przyczyn osobistych.  W czasie, gdy pełnił funkcję konsultanta umieralność okołoporodowa noworodków w regionie spadła do najniższej w kraju.

Profesor od roku 2015, oprócz specjalizacji w dziedzinie ginekologii i położnictwa, jest również specjalistą w dziedzinie perinatologii. Od roku 2012 posiada stopień doktora habilitowanego nauk medycznych, a także tytuł profesora nadzwyczajnego Uniwersytetu Jana Kochanowskiego, gdzie kieruje Zakładem Profilaktyki w Ginekologii i Położnictwie na Wydziale Lekarskim i Nauk o Zdrowiu.

W ubiegłym roku Wojciech Rokita został wybrany prezesem elektem Polskiego Towarzystwa Ginekologów i Położników.