Sprawozdania w postaci elektronicznej narzuciły pewne nowe zasady funkcjonowania w rzeczywistości sprawozdawczej. Niejaką trudność sprawiają specyficzne pozycje formularza e-sprawozdania finansowego. Są to przede wszystkim trudności w dostosowaniu brzmienia przepisów prawa, do nowoczesnej technologii elektronicznej.
Część podatników zaczęło zastanawiać się czy w przypadku przygotowywania e-sprawozdania finansowego (w postaci elektronicznej) koszty powinny być wykazywane ze znakiem minus czy bez znaku minus. Tutaj pomimo nowoczesnej technologii ustawodawca postanowił być konsekwentny i dać pierwszeństwo literalnemu brzmieniu przepisów. Skoro ustawa o rachunkowości nie określa obowiązku wykazywania kosztów (w zakresie rachunku zysków i strat) ze znakami minus, tak samo zdecydował w zakresie e-sprawozdania finansowego. Oznacza to, że nie ma obowiązku wykazywania kosztów ze znakiem minus.
Jednym z trudnych elementów udostępnionej struktury logicznej e-sprawozdania jest miejsce, gdzie podatnicy mogą rozliczyć różnice pomiędzy wynikiem finansowym (zyskiem stratą) brutto, a podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym. Pojawiło się tutaj pole opcjonalne dotyczące doku poprzedniego (pomimo rozliczania bieżącego). Ustawodawca jednak w wyjaśnieniach pytań i odpowiedzi wypełniania specyficznych pozycji informuje, że pola dotyczące roku poprzedniego nie są obowiązkowe do wypełnienia, są polami opcjonalnymi.
W przypadku rozliczania e-sprawozdania dla spółki jawnej, której wspólnikami są osoby fizyczne nie możliwe jest podanie wszystkich danych. W rachunku zysku i strat takiej spółki nie można zaprezentować kwoty podatku dochodowego, ponieważ to wspólnicy są podatnikami podatku dochodowego od osób fizycznych indywidualnie, a nie spółka jako podmiot. W związku z tym wynik finansowy brutto jest równy wartości wyniku finansowego netto.
Wypełnienie pozycji różnica pomiędzy podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym, a wynikiem finansowym dla takiej jednostki nie jest obowiązkowe. Podobnie dzieje się przy podmiotach mikro przygotowujących sprawozdanie finansowe zgodnie z załącznikiem numer 4.
W przypadku, jeżeli jednostka sporządzająca e-sprawozdanie finansowe nie jest podatnikiem podatku dochodowego nie ma możliwości wskazania podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym. Co za tym idzie nie ma również możliwości porównania go do wyniku finansowego (zysku, straty brutto). Dlatego taka jednostka nie ma obowiązku prezentowania tych informacji w e-sprawozdaniu finansowym i w tym elemencie może wskazać wartość "0".